يعد قسم العقيدة والمذاهب المعاصرة أحد الأقسام الهامة في كلية أصول الدين بالجامعة الإسلامية بغزة، حيث يرسخ في نفوس الطلاب أهم الأسس التي تقوم عليها العقيدة الإسلامية الخالصة من أية شائبة، وذلك على المنهج السلفي الخالص، المرتكز على المصدرين التشريعيين الأصليين : القرآن الكريم والسنة الشريفة، ويوضح أصول العقيدة الإسلامية كما فهمها وآمن بها السلف الصالح، كما يزود القسم الطلاب بزاد وافر من المعلومات المتعلقة بالمذاهب والأفكار المعاصرة، كالعلمانية والديمقراطية والوجودية والشيوعية وغيرها، إضافة إلى تعريف الطالب بأشهر الأديان وأوسعها انتشاراً في العلم كاليهودية والنصرانية والهندوسية وغيرها، وتعريفه كذلك بالفرق والاتجاهات الفكرية التي ظهرت في التاريخ الإسلامي وذلك في ضوء المنهج الوصفي التحليلي النقدي.
كما يقوم القسم بتدريس الطالب كيفية الدعوة إلى الله على الصعيدين النظري والتطبيقي بهدف تخريج الطالب الداعية القادر على مشافهة الجمهور.